Il y a 12 ans un terrible démon renard attaquait. Il tua un grand nombre de personnes et fit d'énormes d'égats aux villages. C'est alors qu'apparut le 4ème Hokage, un puissant ninja qui emprisonna le démon renard dans le corps d'un nouveau né. Le nom de ce nouveau né était Naruto.
Douze ans plus tard, Naruto est rejeté par tout le monde. Il essaie donc de se faire remarquer en recouvrant de graffitis les portraits scultés dans la falaise des maitres Hokage. Il se fait arrêter par Iruka, son professeur de l'académie ninja. Celui-ci, énervé, pose une interro surprise: les élèves doivent se transformer en lui. Tout le monde réussit sauf Naruto. Au lieu de se transformer en Iruka, il utilise sa propre technique: sexy meta. Il se transforme alors en fille nue, ce qui lui vaut l'évanouissement du prof et un zéro. Le jour suivant c'est le test pour devenir ninja. Naruto le rate. C'est alors que Mizuki, un autre prof, conseille à Naruto de voler le parchemin des techniques interdites détenue par le Hokage. Naruto, ne voyant pas le plan malsaint de Mizuki, s'empare du rouleau grace au sexy meta. Il part s'entrainer dans la foret et apprend la technique du multi clonage. Iruka le retrouve et comprend qu'en fait Mizuki se sert de Naruto. Mais c'est trop tard: Mizuki attaque Iruka qui ne voit pas venir le coup et est gravement blessé. Naruto, appeuré, se sauve.C'est alors qu'Iruka avoue à Mizuki qu'au fond, il aime bien Naruto il qu'il trouve que c'est un de ses meilleurs élèves. Mizuki s'apprette à achever Iruka lorsque Naruto rentre en scène. Il est très ému par ce qu'a dit Iruka et attaque Mizuki grace au multi clonage. Il parvient à créer des centaines de clones consistants qui attaquent Mizuki et gagnent. Iruka, ipressionné, donne le bandeau de ninja à Naruto. Plusieurs jours plus tard, Naruto se rend à la réunion d'informations. Il apprend qu'il va faire équipe avec Sakura, la fille dont il est amoureux mais aussi avec Sasuke, un garçon ténébreux dont toutes les filles sont amoureuses et que Naruto considère comme son rival. Mais avant de devenir de véritables ninjas, l'équipe doit passer un autre test. Elle doit prendre deux clochettes à Kakashi, leur nouveau professeur. Mais celui-ci s'avère être plus puissant que prévu. Naruto se fait accrocher par une corde à un arbre, Sukura subit des chocs émotionels à cause des illusions de Kakashi (qui matérialise un Sasuke presque mort) et Sasuke commence un combat singulier avec son nouveau prof mais se fait battre très facilement...